昔日因沿岸水深可泊舟船，為漢人來台開發較早的地區，清初即為船隻停泊之處所。清雍正12年，已經有了街市，後來由於淡水河口淤積嚴重，乾隆以後已經逐漸沒落。此地為一典型的河口生態系，水筆仔攔截淡水河挾帶之大量泥沙及有機物，形成一片沼澤地。但由於河水受到污染，為了保存紅樹林及其伴生動、植物所形成的生態系，避免受到人為干擾，農委會於民國83年1月，將該區公告為「挖子尾自然保留區」。本區的生物特色是種類很多，但數量可觀。本區為濕地生態系，具有豐富的生產力，吸引了不少野鳥駐足。當潮水退乾時，鳥會在外灘覓食﹔當潮水漲滿時，內陸的泥灘就成為鳥類的棲息地。