除了 D700，Nikon 亦同時為旗艦級的 D3 推出新 Firmware，最新版本為 v2.01，除了解決「黑點」問題，新韌體亦加強了相機的自動對焦性能，並作出共 8 項的修正與改善，分別為：
- 對於利用相機上安裝的 GPS 單元 GP-1 拍攝的影像，現在會在 ViewNX 1.2.0 版或更高版本以及 Capture NX 2 2.1.0 版或更高版本的拍攝資訊中顯示地理資訊。
- 在 C 對焦模式（連續伺服自動對焦）中，對比較黑暗拍攝物體的自動回應性能得到提升。
- 現在按 AF-ON 按鈕時，顯示幕會關閉並可利用多重選擇器選擇對焦點。
- 在全幀播放中顯示的相片資訊已作如下更改：
- HI-、LO- 已分別更改為 Hi、Lo
- WARM TONE 已更改為 WARM FILTER
- COLOR CUSTOM 已更改為 COLOR BALANCE
- 在設置菜單中，世界時間項的時區選項中顯示的 Manamah 已更改為 Manama。
- 在極個別情況下，當拍攝功能表中的減低長時間曝光雜訊設為開時，拍攝的影像中會出現明顯的黑點。此問題已得到解決。
- 當相機安裝有 Speedlight SB-800 並將閃光燈模式設為距離優先手動 (GN) 模式時，如果重新開機曝光計或打開相機，SB-800 中顯示的資訊會發生變化。此問題已得到解決。
- 在極個別情況下，用以下鏡頭拍攝的影像會曝光不足。此問題已得到解決。
- AF-S VR Micro-Nikkor 105mm f/2.8G IF-ED
- AF VR Zoom-Nikkor 80-400mm f/4.5-5.6D ED (5.0x)
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