瑞光寺初名普濟禪院，據志書記載為三國吳赤烏四年（241年）孫權為迎接西域康居國僧人性康而建。十年，孫權為報母恩又建十三層舍利塔於寺中。而根據 先後在塔內發現的寶幢木函、佛經、石佛、石礎、塔磚等文物上的紀年文字，與塔的平面、結構、外觀綜合考證，今塔系北宋景德元年（1004年）至天聖八年（ 1030年）所建，當時佛寺名為瑞光禪院。寺院裡歷經毀修，塔曾於南宋淳熙，明 洪武、永樂、天順、嘉靖崇禎，以及清康熙、乾隆、道光年間修葺。清咸豐十年 （1860年）又遭兵燹，寺毀塔存，同治十一年（1872年）曾加以維修,有九層。