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第一次世界大戰之後，塞爾維亞成為南斯拉夫的一部分。

第二次世界大戰時，希臘、南斯拉夫為同盟國，保加利亞參加了由德國主導的軸心國陣營，希臘、南斯拉夫被德國攻佔之後，保加利亞分得了馬其頓的大部分地區，但戰爭結束後各國之間的邊界又還原到戰前的形勢。

二戰之後，南斯拉夫成為由狄托所領導的共產主義國家，1946年時狄托將馬其頓地區從塞爾維亞分開，成為南斯拉夫的一個加盟共和國。

1991年9月17日馬其頓從南聯盟和平分離，但馬其頓隨即和希臘爆發國名爭端，最後馬其頓於1993年以「前南斯拉夫馬其頓共和國」的名義加入聯合國。

1999年，南聯盟爆發科索沃戰爭，近40萬阿爾巴尼亞族難民從科索沃湧入馬其頓。

2001年春，馬其頓西部的阿族人開始進行武裝叛亂，馬國爆發短暫的內戰，後來雙方於6月在歐盟官員的調停下達成停火協議，阿族同意放下武裝。