昂船洲地形原本像一個翻轉的船，故稱「昂（仰）船洲」；英國人則覺得昂船洲似一個磨刀石，所以該島英文名為「Stonecutters Island」。



最初昂船洲作開採石礦之用，之後改作興建昂船洲海軍基地。



在第二次世界大戰初其間由英國皇家陸軍部隊接管。1941年12月11日第二次世界大戰其間，昂船洲被日軍使用重型炮彈炮擊而被攻奪，停泊在碼頭下的商船被炸至沉沒。日軍其後把這島已建的九龍海軍基地擴建，並在這島建立無線電接收設備作軍事用途及擴大日本公共傳媒機構NHK在海外的廣播接收範圍。



隨著1989年香港機場核心計劃的公佈，昂船洲在1990年代初進行填海工程成為九龍半島一部份，與對岸的葵涌和長沙灣連成一起，作為興建西九龍公路及機埸快線連接到位於赤鱲角的香港國際機場之用；此外香港政府也在這島興建葵涌八號貨櫃碼頭以容立更大的吞吐量。



1997年7月1日，隨著香港主權移交至中華人民共和國，昂船洲海軍基地由中國人民解放軍接管。





現時在昂船洲正興建全球最長斜拉橋之一的雙塔斜拉橋昂船洲大橋，預計於2008年落成。屆時，昂船洲大橋會連接九龍半島至青衣，成為香港8號幹線的一部分